Susunan organisasi BPKP terdiri dari :
a. Kepala;
b. Deputi Bidang Administrasi;
c. Deputi Bidang Pengawasan Pengeluaran Pusat dan Daerah;
d. Deputi Bidang Pengawasan Penerimaan Pusat dan Daerah;
e. Deputi Bidang Pengawasan Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah;
f. Deputi Bidang Pengawasan Perminyakan dan Gas Bumi;
g. Deputi Bidang Perencanaan dan Analisa;
h. Deputi Bidang Pengawasan Khusus;
i. Pusat Pendidikan dan Latihan Pengawasan;
j. Pusat Penelitian dan Pengembangan Sistem Pengawasan;
h. Perwakilan di Daerah dan di luar negeri.
Kepala mempunyai tugas :
a. memimpin BPKP sesuai dengan tugas pokok dan Kebijaksanaan yang telah digariskan Pemerintah dan membina aparatur BPKP agar berdaya guna dan berhasil guna;
b. menentukan kebijaksanaan teknis pelaksanaan program pengawasan keuangan dan pembangunan;
c. membina dan melaksanakan kerjasama di bidang pengawasan keuangan dan pembangunan dengan instansi Pemerintah baik di Pusat maupun di Daerah sesuai dengan peraturan perundang-un- dangan yang berlaku dan kebijaksanaan Pemerintah.
Deputi Bidang Administrasi adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala.
Deputi Bidang Administrasi mempunyai tugas memberikan pelayanan teknis dan administratif bagi seluruh satuan organisasi BPKP dalam rangka pelaksanaan tugas pokokonya.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 7 Deputi Bidang Administrasi mempunyai fungsi :
a. mengelola dan membina kepegawaian, keuangan, dan perlengkapan serta membina peraturan dan organisasi BPKP;
b. melaksanakan pelayanan administrasi, mengelola, dan membina urusan rumah tangga serta urusan tata usaha dalam lingkungan BPKP.
Deputi Bidang Administrasi membawahkan :
a. Biro Kepegawaian dan Organisasi;
b. Biro Keuangan;
c. Biro Hukum;
d. Biro Perlengkapan;
e. Biro Tata Usaha.
Deputi Bidang Pengawasan Pengeluaran Pusat dan Daerah adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
Deputi Bidang Pengawasan Pengeluaran Pusat dan Daerah mempunyai tugas melaksanakan pengawasan atas pengeluaran pembangunan dan rutin Pemerintah Pusat, pengawasan atas pengeluaran pembangunan dan rutin Pemerintah Daerah, dan pengawasan atas peng-urusan barang bergerak dan tidak bergerak milik Pemerintah Pusat dan milik Pemerintah Daerah.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 11, Deputi Bidang Pengawasan Pengeluaran Pusat dan Daerah mempunyai fungsi :
a. melakukan pengawasan atas pengeluaran pembangunan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah;
b. melakukan pengawasan atas pengeluaran rutin Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah;
c. melakukan pengawasan atas proyek-proyek Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah;
d. melakukan pengawasan atas pengurusan barangbarang bergerak dan tidak bergerak milik Pemerintah Pusat dan milik Pemerintah Daerah.
Deputi Bidang Pengawasan Pengeluaran Pusat dan Daerah membawahkan:
a. Direktorat Pengawasan Pengeluaran Pembangunan Pusat I;
b. Direktorat Pengawasan Pengeluaran Pembangunan Pusat II;
c. Direktorat Pengawasan Pengeluaran Pembangunan Daerah;
d. Direktorat Pengawasan Pengeluaran Rutin Pusat dan Daerah I;
e. Direktorat Pengawasan Pengeluaran Rutin Pusat dan Daerah II;
Deputi Bidang Pengawasan Penerimaan Pusat dan Daerah adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
Deputi Bidang Pengawasan Penerimaan Pusat dan Daerah mempunyai tugas melaksanakan pengawasan atas penerimaan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 15 Deputi Bidang Pengawasan Penerimaan Pusat dan Daerah mempunyai fungsi :
a. melakukan pengawasan atas penerimaan Pemerintah Pusat;
b. melakukan pengawasan atas penerimaan Pemerintah Daerah;
c. melakukan pengawasan atas pelaksanaan fasilitas pajak, bea, dan cukai.
Deputi Bidang Pengawasan Penerimaan Pusat dan Daerah membawahkan:
a. Direktorat Pengawasan Penerima Pajak;
b. Direktorat Pengawasan Penerimaan Bea dan Cukai;
c. Direktorat Pengawasan Pembangunan, Penerimaan Daerah, dan Penerimaan Lain-lain;
d. Direktorat Pengawasan Pelaksanaan Fasilitas Pajak, Bea, dan Cukai.
Deputi Bidang Pengawasan Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
Deputi Bidang Pengawasan Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah mempunyai tugas melaksanakan pengawasan terhadap semua Badan Usaha yanag seluruh atau sebagian modalnya dimiliki Pemerintah Pusat/Daerah, Badan-badan yang keuangannya dibiayai atau diberi subsidi atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara/Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah, dan Badan-badan lain yang di dalamya terdapat kepentingan keuangan dan kepentingan lainnya dari Pemerintah Pusat/Daerah karena pemberian hak atau wewenang hukum publik.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 19, Deputi Bidang Pengawasan Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah mempunyai fungsi :
a. melakukan pengawasan atas Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah;
b. melakukan pengawasan atas badan usaha lainnya.
Deputi Bidang Pengawasan Badan Usaha Milik Negara dan Badan Usaha Milik Daerah membawahkan :
a. Direktorat Pengawasan Badan Usaha Milik Negara I;
b. Direktorat Pengawasan Badan Usaha Milik Negara II;
c. Direktorat Pengawasan Badan Usaha Milik Negara III;
d. Direktorat Pengawasan Badan Usaha Milik Daerah dan Badan Usaha lainnya;
e. Direktorat Pengawasan Lembaga-lembaga Keuangan.
Deputi Bidang Pengawasan Perminyakan dan Gas Bumi adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
Deputi Bidang Pengawasan Perminyakan dan Gas Bumi mempunyai tugas melaksanakan pengawasan atas semua Badan Usaha dalam bidang perminyakan dan cabang usahanya yang seluruh atau sebagian modalnya dimiliki oleh Pemerintah, Badan Usaha perminyakan yang keuangannya dibiayai atau disubsidi atas beban Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara dan Badan Usaha perminyakan lainnya yang di dalamnya terdapat kepentingan keuangan dan kepentingan lain dari Pemerintah karena pemberian hak atau wewenang hukum publik.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 23, Deputi Bidang Pengawasan Perminyakan dan Gas Bumi mempunyai fungsi :
a. melakukan pengawasan atas perusahaan minyak dan gas bumi milik Negara;
b. melakukan pengawasan atas kontraktor minyak asing;
c. melakukan pengawasan atas cabang usaha PERTAMINA.
Deputi Bidang Pengawasan Perminyakan dan Gas Bumi membawahkan :
a. Direktorat Pengawasan Usaha Perminyakan;
b. Direktorat Pengawasan Kontraktor Minyak Asing;
c. Direktorat Pengawasan Usaha Gas Bumi dan Cabang Usaha PERTAMINA.
Deputi Bidang Perencanaan dan Analisa adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang ber-ada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala.
Deputi Bidang Perencanaan dan Analisa mempunyai tugas merumuskan perencanaan pengawasan bagi BPKP dan mempersiapkan perencanaan pengawasan bagi seluruh aparat pengawasan Pemerintah Pusat/Daerah, mengadakan analisa atas hasil pengawasan, dan mengadakan evaluasi atas tata kerja administrasi pemerintahan yang telah ditetapkan oleh instansi masing-masing, serta menyiapkan laporan pelaksanaan tugas BPKP.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 27, Deputi Bidang Perencanaan dan Analisa melakukan fungsi :
a. merumuskan perencanaan dan program pelaksanaan pengawasan bagi BPKP;
b. mempersiapkan perumusan perencanaan dan program pelaksanaan bagi seluruh aparat pengawasan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah;
c. menyiapkan pedoman pemeriksaan bagi seluruh aparat pengawasan Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah;
d. memonitor pelaksanaan rencana pengawasan dan evaluasi atas hasil pengawasan;
e. mengadakan evaluasi atas tata kerja administrasi pemerintahan yang telah ditetapkan oleh instansi masing-masing;
f. menyiapkan laporan pelaksanaan tugas BPKP;
g. mengawasi kegiatan Kantor Akuntan Publik.
Deputi Bidang Perencanaan dan Analisa membawahkan :
a. Direktorat Perencanaan Pengawasan;
b. Direktorat Analisa Hasil Pengawasan;
c. Direktorat Evaluasi Tata Kerja.
Deputi Bidang Pengawasan Khusus adalah unsur pelaksana sebagian tugas dan fungsi BPKP yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
Deputi Bidang Pengawasan Khusus mempunyai tugas melaksanakan pemeriksaan khusus atas kasus penyimpangan-penyimpangan dan melakukan pengawasan atas kelancaran pelaksanaan pembangunan.
Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 31, Deputi Bidang Pengawasan Khusus melakukan fungsi :
a. melakukan pemeriksaan terhadap penyimpangan-penyimpangan di bidang Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara/Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah/Badan Usaha Milik Negara/Badan Usaha Milik Daerah dan badan-badan lainnya;
b. melakukan pengawasan atas kelancaran pelaksanaan pembangunan.
Deputi Bidang Pengawasan Khusus membawahkan :
a. Direktorat Pengawasan Khusus Bidang Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara/Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah;
b. Direktorat Pengawasan Khusus Bidang Badan Usaha Milik Negara/Badan Usaha Milik Daerah;
c. Direktorat Pengawasan Khusus Kelancaran Pembangunan.
(1) Pusat Pendidikan dan Latihan Pengawasan yang selanjutnya disebut PUSDIKLAT, adalah unsur pelaksana dalam lingkungan BPKP di bidang pendidikan dan latihan pengawasan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
(2) PUSDIKLAT dipimpin oleh seorang Kepala Pusat.
PUSDIKLAT mempunyai tugas menyelenggarakan, membina, dan mengkoordinasikan seluruh kegiatan pendidikan dan latihan pengawasan berdasarkan peraturan perundang- undangan yang berlaku dan kebijaksanaan yang ditetapkan oleh Kepala.
(1) Pusat Penelitian dan Pengembangan Sistem Pengawasan yang selanjutnya disebut PUSLITBANG adalah unsur pelaksana dalam lingkungan BPKP di bidang penelitian dan pengembangan pengawasan yang berada di bawah dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala.
(2) PUSLITBANG dipimpin oleh seorang Kepala Pusat.
Pusat Penelitian dan Pengembangan Sistem Pengawasan mempunyai tugas menyelenggarakan penelitian dan pengembangan sistem pengawasan berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
(1) Perwakilan BPKP di Daerah adalah Instansi Vertikal dari BPKP.
(2) Di tiap-tiap Propinsi/Daerah Tingkat I dibentuk Perwakilan BPKP Propinsi.
(3) Apabila dipandang perlu di Daerah Tingkat II/Kabupaten/Kotamadya dapat dibentuk Perwakilan BPKP Kabupaten/Kotamadya.
(1) Direktorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Sub Direktorat dan setiap Sub Direktorat terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Seksi.
(2) Biro terdiri dari dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Bagian dan setiap Bagian terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Sub Bagian;
(3) Pusat terdiri dari sebanyak-banyaknya 5 (lima) Bidang dan setiap Bidang terdiri dari sebanyak-banyaknya 4 (empat) Sub Bagian.